Het werk in Zwammerdam begint bij de bodem, en die is hier overwegend rivierklei. Zwammerdam ligt op de smalle oeverwal van de Oude Rijn, met zavelige rivierklei bovenop en veen daaronder; niet voor niets bouwden de Romeinen hier hun castellum. Vlak achter het lint kantelt het profiel naar veenweide, waardoor grondwerk binnen een enkel perceel van draagkrachtige klei naar slappe veenbodem kan omslaan; vooraf sonderen voorkomt hier verrassingen.
Bij het afkoppelen van een regenpijp gaat het water op deze grond meestal bovengronds naar een lager punt of een greppel, omdat verticale infiltratie te weinig capaciteit heeft. Een renovatie is het moment om boomwortels die zich onder de oude stenen hadden geperst weer echte wortelruimte te geven in plaats van ze af te steken. Het maaiveld langs de gevel blijft na het weghalen van de verharding onder de bovenkant van de dorpel en onder de ventilatieopeningen van de kruipruimte. Onder oude verharding ligt de klei jarenlang samengedrukt; die laag wordt losgetrokken tot ruim onder de oude cunetbodem voordat er iets groens in gaat. Een wadi in komklei loopt zonder hulp niet leeg; een drain onder de bodem met afvoer naar het oppervlaktewater houdt de leegloop binnen een redelijke termijn. Puinlagen en oude funderingsresten in de kleiondergrond komen er bij een vergroening uit, anders staat de nieuwe beplanting op een laag waar water in blijft hangen.
Wat de bodem niet bepaalt, bepaalt het water. Zwammerdam ligt aan de Oude Rijn en wordt omringd door laaggelegen polders zoals polder Steekt, die van oudsher met molens als De Dikke Molen en de Steektermolen op de rivier werden bemalen. Een bestaande boom heeft zijn wortels afgestemd op de huidige waterstand en verliest wortelmassa zodra nieuw werk die stand verlaagt, waardoor wijzigingen in de ontwatering rond oude bomen beperkt blijven. Een tuin die ooit is opgehoogd, is sindsdien verder ingeklonken; de hoogte van de dorpel en de bovenkant van de beschoeiing laten zien hoeveel het maaiveld sinds de aanleg heeft prijsgegeven. Uitbreiding van verharding telt bij een renovatie mee in de waterbalans van het perceel, zodat wat aan verhard oppervlak bijkomt bij voorkeur elders in de tuin geborgen wordt.