Het werk in Bodegraven begint bij de bodem, en die is hier overwegend rivierklei. De kern van Bodegraven ligt op de oeverwal van de Oude Rijn: rivierklei op een veenpakket, die redelijk draagt maar dicht en waterremmend is. Bestrating vraagt hier vooral aandacht voor ontwatering met een goed doorlatend zandbed en drainage, terwijl je even buiten de oeverwal in de polder alsnog op zettingsgevoelig veen uitkomt.
Puinlagen en oude funderingsresten in de kleiondergrond komen er bij een vergroening uit, anders staat de nieuwe beplanting op een laag waar water in blijft hangen. Verharding weghalen lost wateroverlast in Bodegraven niet vanzelf op, omdat de klei eronder het water traag opneemt; er moet berging of afvoer bij komen. Het oude zandbed raakt bij het uitgraven vermengd met klei en is als teelaarde onbruikbaar; zeven of afvoeren voorkomt dat een nieuw plantvak op halfbakken zand start. Een wadi in komklei loopt zonder hulp niet leeg; een drain onder de bodem met afvoer naar het oppervlaktewater houdt de leegloop binnen een redelijke termijn.
Naast de bodem telt het water mee. De Oude Rijn met zijn sluis loopt dwars door Bodegraven en fungeert als boezem waarop de omliggende veenpolders, waaronder het gebied langs de Meije, hun water lozen. Bestaande drainage in een oudere tuin is vaak dichtgeslibd of ligt inmiddels onder het slootpeil; doorspuiten en de uitstroomhoogte controleren gaat vooraf aan elk besluit over vervanging. Een oude beschoeiing wordt beoordeeld in de zone rond de waterlijn; is de plank daar nog gaaf, dan zit de zwakke plek meestal in de gording, de ankers of de bevestigingsmiddelen. Een vijver die zijn peil verliest, lekt vrijwel altijd langs de rand, en bij een hoge grondwaterstand zakt het water niet verder weg dan de omgevingsstand, wat de hoogte van het lek verraadt.