De ondergrond in Zwammerdam bestaat overwegend uit rivierklei, en dat bepaalt hoe het werk hier wordt opgebouwd. Zwammerdam ligt op de smalle oeverwal van de Oude Rijn, met zavelige rivierklei bovenop en veen daaronder; niet voor niets bouwden de Romeinen hier hun castellum. Vlak achter het lint kantelt het profiel naar veenweide, waardoor grondwerk binnen een enkel perceel van draagkrachtige klei naar slappe veenbodem kan omslaan; vooraf sonderen voorkomt hier verrassingen.
Een funderingssleuf in klei blijft door de cohesie eerst keurig staan maar zakt na een regenbui alsnog in; een talud of sleufbekisting hoort bij de voorbereiding en niet bij de reparatie. De verdichte ondergrond wordt na het machinewerk gewoeld voordat de teelaarde terugkomt, anders staat het plantvak op een gladgereden kleilaag waar geen wortel doorheen komt. Restzetting na een ophoging op klei speelt zich over maanden af; hoogtemetingen na de eerste winter laten zien of het maaiveld al voldoende tot rust is gekomen. Teelaarde en ondergrond worden bij het ontgraven gescheiden opgeslagen; komklei die door de bovenlaag gemengd raakt maakt de tuinbodem jarenlang zwaarder dan hij was. Egaliseren lukt alleen als de kluiten breken; zware klei die nat wordt uitgevlakt trekt bij droging weer scheef en houdt de oneffenheden juist vast.
Wat de bodem niet bepaalt, bepaalt het water. Zwammerdam ligt aan de Oude Rijn en wordt omringd door laaggelegen polders zoals polder Steekt, die van oudsher met molens als De Dikke Molen en de Steektermolen op de rivier werden bemalen. Een proefsleuf in de polders bij Zwammerdam staat na het openen binnen enkele minuten onder water, waardoor kabels en leidingen na de KLIC-melding op de tast worden gezocht in plaats van op zicht. Ophogen is bij een hoge grondwaterstand vaak de enige manier om droge voeten te krijgen, maar het extra gewicht drukt de slappe ondergrond samen en vraagt vooraf een inschatting van de te verwachten zetting. Grondwater dat in een ontgravingstalud uittreedt, neemt korrels mee en ondergraaft de helling van onderaf, waardoor een flauwer profiel of een tijdelijke kering nodig is.