De ondergrond in Bodegraven bestaat overwegend uit rivierklei, en dat bepaalt hoe het werk hier wordt opgebouwd. De kern van Bodegraven ligt op de oeverwal van de Oude Rijn: rivierklei op een veenpakket, die redelijk draagt maar dicht en waterremmend is. Bestrating vraagt hier vooral aandacht voor ontwatering met een goed doorlatend zandbed en drainage, terwijl je even buiten de oeverwal in de polder alsnog op zettingsgevoelig veen uitkomt.
Ophogen gebeurt op deze grond met zand en niet met de klei zelf, omdat klei onder belasting blijft inklinken en nooit tot een draagkrachtige laag te verdichten is. Teelaarde en ondergrond worden bij het ontgraven gescheiden opgeslagen; komklei die door de bovenlaag gemengd raakt maakt de tuinbodem jarenlang zwaarder dan hij was. Het polderpeil rond Bodegraven bepaalt hoe diep een sleuf droog blijft; klei laat weinig water door, maar een zandlaagje eronder maakt de bemaling ineens veel zwaarder. Grond die bij het graafwerk vrijkomt valt onder het Besluit bodemkwaliteit, dus wordt vooraf gekeken naar de bodemkwaliteitskaart van Bodegraven-Reeuwijk of naar een partijkeuring voordat de klei het werk verlaat.
Naast de bodem telt het water mee. De Oude Rijn met zijn sluis loopt dwars door Bodegraven en fungeert als boezem waarop de omliggende veenpolders, waaronder het gebied langs de Meije, hun water lozen. Een proefsleuf in de polders bij Bodegraven staat na het openen binnen enkele minuten onder water, waardoor kabels en leidingen na de KLIC-melding op de tast worden gezocht in plaats van op zicht. Kwelwater in deze polders is vaak ijzerrijk en slaat als roodbruine aanslag neer in drains, filters en pompen, wat bij het ontwerp van een ontwateringssysteem meetelt. Elke ontgraving die onder de grondwaterstand komt, loopt vol; het werk wordt daarom in korte vakken uitgevoerd of tijdelijk bemalen, waarbij die onttrekking bij het waterschap gemeld of vergund moet worden.