Onder Benthuizen ligt hoofdzakelijk zeeklei; dat gegeven staat aan het begin van elke berekening. Benthuizen ligt in droogmakerijgebied met oude zeeklei in de ondergrond; die klei draagt redelijk, maar is zwaar, krimpt bij droogte en zwelt weer op bij nattigheid. Een stevig verdicht zandcunet en een goede hemelwaterafvoer zijn essentieel, want waar de kleilaag dun over restveen ligt ontstaat alsnog ongelijke zakking en scheurvorming in verharding.
Drainage in zware klei vraagt kleinere onderlinge buisafstanden dan in zand doordat het water er traag zijdelings naartoe stroomt; de buis moet bovendien met verhang op een sloot of put kunnen lozen. Een vijver in ongestoorde zeeklei kan zonder folie waterhoudend zijn, maar het peil volgt dan de grondwaterstand en zakt in een droge zomer zichtbaar mee. Hemelwater wordt op klei bovengronds afgevoerd via licht oppervlakteafschot naar een greppel, wadi of sloot, omdat de verticale wegzijging in de ondergrond vrijwel stilstaat. In de diepere polders komt brak kwelwater in de sloot terecht; het chloridegehalte van dat water bepaalt of het bruikbaar is om de tuin mee te beregenen.
Wat de bodem niet bepaalt, bepaalt het water. Het dorp ligt tussen de polders van de voormalige Benthuizerpolder — samengesteld uit onder meer de Benthuizer Noord- en Zuidpolder, de Benhornerpolder en polder De Hil — waar het waterpeil volledig door bemaling wordt geregeld. Lage plekken vullen zich in het winterhalfjaar als eerste; die plekken in kaart brengen voor de aanleg levert meer op dan ze naderhand ophogen. Een vijver houdt zijn peil bij een middelhoge stand meestal niet vanzelf, doordat de waterspiegel in de zomer boven het grondwater ligt en bijvullen na een droge periode nodig is. Een gazon houdt hier in een natte winter geen plassen vast, maar kan in een droge zomer wel verkleuren doordat het grondwater te weinig naar de graswortels naleveren kan.