Onder Benthuizen ligt hoofdzakelijk zeeklei; dat gegeven staat aan het begin van elke berekening. Benthuizen ligt in droogmakerijgebied met oude zeeklei in de ondergrond; die klei draagt redelijk, maar is zwaar, krimpt bij droogte en zwelt weer op bij nattigheid. Een stevig verdicht zandcunet en een goede hemelwaterafvoer zijn essentieel, want waar de kleilaag dun over restveen ligt ontstaat alsnog ongelijke zakking en scheurvorming in verharding.
Het klei-humuscomplex houdt kalium en andere voedingsstoffen goed vast, waardoor zware bemesting zelden nodig is; tekorten gaan op kalkrijke klei eerder over ijzer en mangaan, die bij een hoge zuurgraad slecht opneembaar zijn. Planten in het najaar sluit op klei goed aan: de grond is dan nog bewerkbaar en de kluit maakt voor de winter contact, terwijl zware klei in het vroege voorjaar vaak te nat is om te betreden. Zeeklei is doorgaans kalkrijk met een zuurgraad rond de 7,5; zuurminnende soorten als rhododendron, skimmia en struikheide krijgen daar geel blad tussen groene nerven en blijven achter in groei. Bosplantsoen zonder kluit slaat op klei aan als de wortels niet uitdrogen en de grond eromheen met water wordt ingeslibd; aandrukken met natte kluiten sluit de bodem juist af. Een plantgat wordt in klei breed uitgegraven en niet dieper dan de kluit hoog is; een diepe kuil in ondoorlatende grond loopt bij elke bui vol en houdt dat water bij de wortels vast.
Naast de bodem telt het water mee. Het dorp ligt tussen de polders van de voormalige Benthuizerpolder — samengesteld uit onder meer de Benthuizer Noord- en Zuidpolder, de Benhornerpolder en polder De Hil — waar het waterpeil volledig door bemaling wordt geregeld. Capillaire opstijging vanuit de grondwaterspiegel levert de wortelzone hier nog vocht na, al neemt die nalevering sterk af naarmate de stand in de zomer verder wegzakt. Najaarsplanting benut de nog warme bodem en de stijgende grondwaterstand, waardoor de beworteling op gang komt voordat de eerste droge periode aanbreekt. Soorten met een uitgesproken voorkeur voor permanent nat of juist voor extreem droog doen het hier zelden goed, omdat de standplaats het grootste deel van het jaar gematigd blijft.