In Benthuizen is zeeklei de bepalende factor onder elke vierkante meter die wij aanpakken. Benthuizen ligt in droogmakerijgebied met oude zeeklei in de ondergrond; die klei draagt redelijk, maar is zwaar, krimpt bij droogte en zwelt weer op bij nattigheid. Een stevig verdicht zandcunet en een goede hemelwaterafvoer zijn essentieel, want waar de kleilaag dun over restveen ligt ontstaat alsnog ongelijke zakking en scheurvorming in verharding.
Jarenlange belasting maakt de klei onder een terras vrijwel luchtdicht; bij vergroening telt het losbreken van die laag over de volle diepte zwaarder dan het aanvoeren van nieuwe tuinaarde. Bij het opnieuw stellen van een verzakt terras wordt vaak alleen de hoogte hersteld; zonder het afschot te corrigeren loopt het water daarna nog steeds richting de gevel. Herstel van een verzakking begint bij de oorzaak: nazakking van een oude ophoging vraagt een andere aanpak dan uitspoeling van zand langs een lekke leiding of een slecht verdichte sleuf. Een aanbouw op staal zakt met de klei mee terwijl het hoofdgebouw op palen stil blijft staan; bestrating langs die twee delen wordt daarom als aparte vlakken afgewerkt. Puinfunderingen van voor 1994 kunnen asbest bevatten; bij twijfel wordt de laag onderzocht voordat hij wordt uitgegraven, hergebruikt of door de tuin verspreid raakt.
De waterhuishouding weegt hier net zo zwaar als de grondsoort. Het dorp ligt tussen de polders van de voormalige Benthuizerpolder — samengesteld uit onder meer de Benthuizer Noord- en Zuidpolder, de Benhornerpolder en polder De Hil — waar het waterpeil volledig door bemaling wordt geregeld. Voordat er iets aan de ontwatering verandert, is het zaak te weten waar het water vandaan komt, want een lekke regenpijp of een verstopte afvoer verklaart meer plassen dan de grondwaterstand. Een oude vijver zonder afdichting stond in de winter vol en viel in de zomer leeg, omdat het grondwater alleen in het natte seizoen tot boven de bodem van de vijver reikte.