Het werk in Benthuizen begint bij de bodem, en die is hier overwegend zeeklei. Benthuizen ligt in droogmakerijgebied met oude zeeklei in de ondergrond; die klei draagt redelijk, maar is zwaar, krimpt bij droogte en zwelt weer op bij nattigheid. Een stevig verdicht zandcunet en een goede hemelwaterafvoer zijn essentieel, want waar de kleilaag dun over restveen ligt ontstaat alsnog ongelijke zakking en scheurvorming in verharding.
Spitten van natte klei keert de structuur om en levert kluiten op die in de zomer steenhard opdrogen; oppervlakkig woelen zodra de grond kruimelt geeft een beter resultaat. Bladval blijft op klei beter niet op het gazon liggen: de zode ademt er toch al moeizaam en een natte bladlaag verstikt het gras binnen enkele weken. Bezanden heeft alleen zin met scherp zand in dunne beurten die in de zode wegwerken; een dikke laag ineens legt een scherpe grens op de klei waar het water op blijft staan. Hagen groeien op de voedselrijke klei hard door, waardoor twee scheerbeurten per seizoen doorgaans een strakker beeld geven dan een enkele beurt laat in het jaar. In een droge zomer scheurt de zware klei rond Benthuizen tot diep in het profiel; de eerste regen verdwijnt dan via die scheuren langs de wortelzone, zodat een border ondanks een bui droog kan blijven.
Wat de bodem niet bepaalt, bepaalt het water. Het dorp ligt tussen de polders van de voormalige Benthuizerpolder — samengesteld uit onder meer de Benthuizer Noord- en Zuidpolder, de Benhornerpolder en polder De Hil — waar het waterpeil volledig door bemaling wordt geregeld.