Het werk in Woubrugge begint bij de bodem, en die is hier overwegend veengrond. Woubrugge staat op veen in de Oudendijkse polder, zo slap dat zelfs de Dorpskerk in 2014 nieuwe funderingspalen nodig had omdat de oude houten palen waren weggerot. Voor grondwerk betekent dat consequent ontwateren, zandfundering in dunne lagen verdicht aanbrengen en zwaardere constructies nooit rechtstreeks op het veen zetten.
Tijdelijk verlagen van de grondwaterstand naast oude bebouwing in Woubrugge is riskant: droogvallende houten funderingspalen worden aangetast en de omliggende veengrond zakt mee met de verlaging. De conusweerstand van veen blijft in de orde van enkele tienden van een megapascal, waardoor de ondergrond het gewicht van materieel en ophoging maar beperkt kan opnemen. In veenpakketten met tussenliggende kleilagen versnelt verticale drainage het afvoeren van poriewater, al loopt de langzame kruipzetting van het veen zelf daarna gewoon door. Egaliseren levert op veen zelden een blijvend vlak maaiveld op, doordat de dikte van het veenpakket per perceel en zelfs per strekkende meter verschilt en de ondergrond ongelijkmatig naklinkt. Veen laat zich niet verdichten zoals zand: walsen kneedt de vezelstructuur kapot en verlaagt de draagkracht in plaats van die te verhogen. Ontgraven in veen gebeurt bij voorkeur in korte vakken die dezelfde dag weer dichtgaan, omdat een open sleuf onder de grondwaterstand volloopt en de wanden uit zichzelf naar binnen zakken.
Naast de bodem telt het water mee. Het dorp ligt aan weerszijden van de Woudwetering, boezemwater dat in open verbinding staat met de Braassemermeer en de Wijde Aa, met daaromheen de laaggelegen Oudendijkse polder en Vierambachtspolder. In de diepere droogmakerijen komt kwelwater van onderaf de put binnen, zodat een sleuf ook op een droge dag volloopt en het benodigde pompdebiet niet met de neerslag meebeweegt. Kwelwater in deze polders is vaak ijzerrijk en slaat als roodbruine aanslag neer in drains, filters en pompen, wat bij het ontwerp van een ontwateringssysteem meetelt. Elke ontgraving die onder de grondwaterstand komt, loopt vol; het werk wordt daarom in korte vakken uitgevoerd of tijdelijk bemalen, waarbij die onttrekking bij het waterschap gemeld of vergund moet worden.