Onder Maarssen ligt hoofdzakelijk rivierklei; dat gegeven staat aan het begin van elke berekening. Onder Maarssen ligt een kalkrijk kleipakket dat door de Vecht is afgezet: zandiger op de oeverwal langs het dorp, en in de komgronden van Maarssenbroek minstens 80 cm zware klei op veen. Maarssenbroek is begin jaren 70 opgespoten met zand en vertoont nog restzetting, waardoor bestrating wegzakt langs op palen gefundeerde gevels en putranden en herstraten met extra zandbed nodig blijft.
Kalkhoudende oeverwalgrond geeft zuurminnende gewassen als rododendron en skimmia chlorose; die soorten horen op deze bodem in een pot of helemaal niet in het plan. Aanaarden met klei tegen de stamvoet houdt vocht tegen de bast en veroorzaakt rot; de wortelaanzet blijft daarom zichtbaar boven het maaiveld. Beuk heeft moeite met natte, zware klei terwijl haagbeuk daar juist goed groeit; voor een haag op komklei in Maarssen is dat het verschil tussen slagen en mislukken. Zware klei warmt in het voorjaar langzaam op, waardoor vaste planten er later uitlopen dan op zandgrond en een vroege voorjaarsplanting weinig voorsprong oplevert. Rivierklei is van nature voedselrijk met een hoge bindingscapaciteit voor voedingsstoffen, waardoor soorten van schrale zandgrond hier slecht op hun plek zijn.
Naast de bodem telt het water mee. De Vecht en het Amsterdam-Rijnkanaal doorsnijden de plaats, terwijl Maarssenbroek als bemalen polder een strak gereguleerd polderpeil heeft. Een plantgat hoeft hier niet verhoogd te worden aangelegd, mits de bodem van het gat ook in een natte winter niet onder water komt te staan. Bij een sterk wisselende stand groeien wortels in het natte seizoen niet dieper dan het water toelaat, waarna diezelfde wortels in een droge zomer boven de zakkende waterspiegel komen te hangen. Een haag of boom vlak langs een sloot staat met de ene zijde in een nattere zone dan met de andere, wat aan de waterkant tot afwijkende groei kan leiden.