Het werk in Harmelen begint bij de bodem, en die is hier overwegend rivierklei. De dorpskern ligt op de zandige oeverwal van de Oude Rijn, die duidelijk meer draagkracht heeft dan de veenweidepolders Gerverscop, Breudijk en Haanwijk er direct omheen. Op die stroomrug volstaat meestal een cunet van 40 tot 50 cm met een goed verdicht zandbed, maar zodra u de oeverwal verlaat en het komgebied in gaat neemt de zettingsgevoeligheid sterk toe en is voorbelasten of een lichte fundering op geotextiel verstandig.
Kalkhoudende oeverwalgrond geeft zuurminnende gewassen als rododendron en skimmia chlorose; die soorten horen op deze bodem in een pot of helemaal niet in het plan. In verharding krijgt een boom op klei doorwortelbaar bomenzand of boomgranulaat mee, omdat de omringende grond onder de stenen te dicht is om in te groeien. Aanaarden met klei tegen de stamvoet houdt vocht tegen de bast en veroorzaakt rot; de wortelaanzet blijft daarom zichtbaar boven het maaiveld. Rivierklei is van nature voedselrijk met een hoge bindingscapaciteit voor voedingsstoffen, waardoor soorten van schrale zandgrond hier slecht op hun plek zijn. Beuk heeft moeite met natte, zware klei terwijl haagbeuk daar juist goed groeit; voor een haag op komklei in Harmelen is dat het verschil tussen slagen en mislukken. Een plantgat in zware klei werkt als een emmer waar het water in blijft staan; de wanden worden daarom ruw gemaakt en aan de onderkant opengebroken.
Naast de bodem telt het water mee. Bij de middeleeuwse kerk in de oude kern komen de Bijleveld en de Leidse Rijn samen tot de Oude Rijn, terwijl de omliggende polders Gerverscop, Breudijk, Oudeland, Haanwijk en Harmelerwaard elk hun eigen peil kennen. Bij een sterk wisselende stand groeien wortels in het natte seizoen niet dieper dan het water toelaat, waarna diezelfde wortels in een droge zomer boven de zakkende waterspiegel komen te hangen. Een middelhoge grondwaterstand biedt de meeste tuinplanten precies wat ze nodig hebben: vocht op diepte om naartoe te wortelen en een luchtige toplaag om in te ademen. Een haag of boom vlak langs een sloot staat met de ene zijde in een nattere zone dan met de andere, wat aan de waterkant tot afwijkende groei kan leiden.