Onder Wilnis ligt hoofdzakelijk veengrond; dat gegeven staat aan het begin van elke berekening. Wilnis ligt op een slap veenweidepakket dat sterk zettingsgevoelig is; maaiveld, tuinen en bestrating zakken hier jaarlijks enkele millimeters tot ruim een centimeter mee. Voor terrassen en opritten is een ruim cunet met geotextiel en zandaanvulling nodig, en voor zwaardere constructies fundering op palen tot de vaste zandlaag.
Rijden met een maaimachine over een verzadigde veenbodem drukt sporen in de zode die niet vanzelf terugveren, omdat veen na vervorming zijn oorspronkelijke structuur niet herneemt. Bomen op een slappe ondergrond zijn gebaat bij een regelmatige, lichte kroonsnoei die het windvangend oppervlak beperkt, omdat de ondergrond zelf weinig weerstand biedt tegen kantelen. Beluchten heeft op een verzadigde veenbodem weinig effect, doordat de gaten in de weke grond direct dichtvloeien in plaats van open te blijven staan. Gazon op veen vermost sneller door de lage pH en de natte bovenlaag; verticuteren haalt de viltlaag weg, maar zonder aanpassing van de bodem komt het mos terug.
Naast de bodem telt het water mee. Het dorp ligt op het hoger gelegen veenbovenland tussen de diepe droogmakerij Groot-Mijdrecht en de Wilnisse Bovenlanden, met een dicht slotenpatroon en polderpeilen kort onder het maaiveld.