Onder Wilnis ligt hoofdzakelijk veengrond; dat gegeven staat aan het begin van elke berekening. Wilnis ligt op een slap veenweidepakket dat sterk zettingsgevoelig is; maaiveld, tuinen en bestrating zakken hier jaarlijks enkele millimeters tot ruim een centimeter mee. Voor terrassen en opritten is een ruim cunet met geotextiel en zandaanvulling nodig, en voor zwaardere constructies fundering op palen tot de vaste zandlaag.
Zand door een plantvak mengen verbetert de structuur van veen niet blijvend, omdat het zand door de organische massa naar beneden zakt en de bodem bij verdere vertering opnieuw inklinkt. De beworteling blijft in veen ondiep doordat de grondwaterstand hoog staat en de zuurstofrijke zone dun is; bomen vormen daardoor een brede vlakke wortelschijf in plaats van diepe wortels. Aanplant in een natte periode betekent lopen en rijden over verzadigd veen, en de structuurschade die daarbij ontstaat drukt de zuurstofvoorziening van de nieuwe wortels weg. Bomenzand en boomgranulaat brengen fors gewicht in de ondergrond en zijn op veen vooral zinvol onder verharding; in een open border levert een verbeterde veenbodem per kuub meer bruikbare wortelruimte. Soorten die zuurstof naar hun wortels transporteren, zoals els en wilg, houden het uit op een bodem waar het water het grootste deel van het jaar hoog staat; de meeste sierheesters kunnen dat niet. In het veenweidegebied rond Wilnis laat een verlaagde grondwaterstand het veen oxideren, waardoor de bodem rond de wortels in volume afneemt en de wortelzone dichter bij het water komt te liggen.
Wat de bodem niet bepaalt, bepaalt het water. Het dorp ligt op het hoger gelegen veenbovenland tussen de diepe droogmakerij Groot-Mijdrecht en de Wilnisse Bovenlanden, met een dicht slotenpatroon en polderpeilen kort onder het maaiveld. Op permanent natte standplaatsen krijgen bodemschimmels die wortels aantasten vrij spel; het gewas verkleurt bovengronds terwijl de oorzaak ondergronds bij een verrotte wortelhals ligt. Zwarte els, schietwilg, gelderse roos en es houden een hoge grondwaterstand jarenlang uit, terwijl beuk en taxus op zo'n standplaats na een natte winter vaak terugvallen. In een verzadigde bodem verloopt de stikstofkringloop anders: bij zuurstofgebrek gaat nitraat als gas verloren, waardoor beplanting op natte grond eerder een tekort dan een overschot laat zien.