De ondergrond in Wilnis bestaat overwegend uit veengrond, en dat bepaalt hoe het werk hier wordt opgebouwd. Wilnis ligt op een slap veenweidepakket dat sterk zettingsgevoelig is; maaiveld, tuinen en bestrating zakken hier jaarlijks enkele millimeters tot ruim een centimeter mee. Voor terrassen en opritten is een ruim cunet met geotextiel en zandaanvulling nodig, en voor zwaardere constructies fundering op palen tot de vaste zandlaag.
Een plasberm die te diep wordt aangelegd, komt in de weke ondergrond terecht waar oeverplanten geen houvast vinden, zodat de diepte wordt afgestemd op de beoogde waterstand en niet dieper. De helling van een natuurvriendelijke oever kan deels onder water worden uitgevoerd, waardoor het talud in het natte profiel ligt en er boven water minder perceelbreedte verloren gaat. Mensen en honden die telkens op dezelfde plek de kant op en af gaan, slijten in een veentalud snel een geul; een aangewezen instap of een vlonder houdt de rest van de oever intact. Een steile veenrand houdt zichzelf niet: de kant zakt in de jaren na aanleg vanzelf uit naar een flauwere helling, terwijl een oever die al flauw is aangelegd nauwelijks nog van vorm verandert. Golfslag van vaarverkeer vreet vooral aan de vezelige veenlaag net onder de waterlijn, waardoor de bovenliggende zode gaat overhangen en uiteindelijk in brokken afbreekt.
Wat de bodem niet bepaalt, bepaalt het water. Het dorp ligt op het hoger gelegen veenbovenland tussen de diepe droogmakerij Groot-Mijdrecht en de Wilnisse Bovenlanden, met een dicht slotenpatroon en polderpeilen kort onder het maaiveld. Een vast gehouden polderpeil maakt de plas-draszone smal en goed voorspelbaar, waardoor de strook waarin oeverplanten kunnen staan zich beperkt tot enkele decimeters rond de waterlijn. Golfslag en de zuiging van vaarverkeer halen grond weg in een smalle strook vlak boven en onder de waterlijn, en juist daar begint de afkalving. De schouw van het waterschap toetst of de watergang op de voorgeschreven diepte en breedte is; een oever die naar binnen is gezakt, komt daarbij als achterstallig onderhoud naar voren.
