Onder Rijnsaterwoude ligt hoofdzakelijk veengrond; dat gegeven staat aan het begin van elke berekening. Het dorpslint staat op restveen van de middeleeuwse ontginning, terwijl de aangrenzende Vierambachtspolder na vervening tot meters onder NAP is drooggemalen. Op dat restveen is de draagkracht laag, waardoor voorbelasting en een royale zandbaan onder klinkers, grind of een oprit noodzakelijk zijn.
Vaste planten met vlezige wortels, zoals pioen, verdragen een natte veenwinter slecht, terwijl soorten uit natte graslanden zoals moerasspirea en grote kattenstaart er juist op hun plaats zijn. Wortelopdruk verloopt op veen anders dan op zand: de zakkende ondergrond en de dikker wordende wortel werken tegen elkaar in, waardoor een pad naast een boom zowel bulten als kuilen krijgt. Een vlakke wortelschijf in slappe grond geeft bij storm minder houvast, wat pleit voor kleinere boomvormen of een verankering die langer blijft staan dan op een zandbodem nodig zou zijn. In het veenweidegebied rond Rijnsaterwoude laat een verlaagde grondwaterstand het veen oxideren, waardoor de bodem rond de wortels in volume afneemt en de wortelzone dichter bij het water komt te liggen. De beworteling blijft in veen ondiep doordat de grondwaterstand hoog staat en de zuurstofrijke zone dun is; bomen vormen daardoor een brede vlakke wortelschijf in plaats van diepe wortels. Soorten die zuurstof naar hun wortels transporteren, zoals els en wilg, houden het uit op een bodem waar het water het grootste deel van het jaar hoog staat; de meeste sierheesters kunnen dat niet.
Wat de bodem niet bepaalt, bepaalt het water. Het dorp ligt aan de oostoever van de Braassemermeer met de Leidse Vaart dwars door de kern en diep drooggemalen polders direct ten zuiden daarvan. Zwarte els, schietwilg, gelderse roos en es houden een hoge grondwaterstand jarenlang uit, terwijl beuk en taxus op zo'n standplaats na een natte winter vaak terugvallen. Op permanent natte standplaatsen krijgen bodemschimmels die wortels aantasten vrij spel; het gewas verkleurt bovengronds terwijl de oorzaak ondergronds bij een verrotte wortelhals ligt. In een verzadigde bodem verloopt de stikstofkringloop anders: bij zuurstofgebrek gaat nitraat als gas verloren, waardoor beplanting op natte grond eerder een tekort dan een overschot laat zien.