Onder Leimuiden ligt hoofdzakelijk veengrond; dat gegeven staat aan het begin van elke berekening. Leimuiden ligt op veen dat door ontwatering blijft inklinken, pal naast de veel dieper gelegen Haarlemmermeerpolder aan de overkant van de Ringvaart. Rond het dorp zie je daardoor veel nazakking bij inritten en tuinmuren; in fasen ophogen en werken met drukverdelende funderingen voorkomt dat het werk na één winter alweer scheef ligt.
Vaste planten met vlezige wortels, zoals pioen, verdragen een natte veenwinter slecht, terwijl soorten uit natte graslanden zoals moerasspirea en grote kattenstaart er juist op hun plaats zijn. De beworteling blijft in veen ondiep doordat de grondwaterstand hoog staat en de zuurstofrijke zone dun is; bomen vormen daardoor een brede vlakke wortelschijf in plaats van diepe wortels. Soorten die zuurstof naar hun wortels transporteren, zoals els en wilg, houden het uit op een bodem waar het water het grootste deel van het jaar hoog staat; de meeste sierheesters kunnen dat niet. In het veenweidegebied rond Leimuiden laat een verlaagde grondwaterstand het veen oxideren, waardoor de bodem rond de wortels in volume afneemt en de wortelzone dichter bij het water komt te liggen. Zand door een plantvak mengen verbetert de structuur van veen niet blijvend, omdat het zand door de organische massa naar beneden zakt en de bodem bij verdere vertering opnieuw inklinkt.
Wat de bodem niet bepaalt, bepaalt het water. Leimuiden wordt aan vrijwel alle kanten door boezemwater omsloten: de Braassemermeer, de Westeinderplassen, de Drecht en de Ringvaart van de Haarlemmermeer hebben alle een oever in het dorp. Op permanent natte standplaatsen krijgen bodemschimmels die wortels aantasten vrij spel; het gewas verkleurt bovengronds terwijl de oorzaak ondergronds bij een verrotte wortelhals ligt. In een verzadigde bodem verloopt de stikstofkringloop anders: bij zuurstofgebrek gaat nitraat als gas verloren, waardoor beplanting op natte grond eerder een tekort dan een overschot laat zien. Waar zoute of brakke kwel omhoog komt, blijft het zoutgehalte in de wortelzone hoog en houden vooral soorten uit een brak milieu stand; een bodemanalyse maakt dat vooraf zichtbaar.