Het werk in Leiderdorp begint bij de bodem, en die is hier overwegend rivierklei. Langs de Oude Rijn ligt een oeverwal van rivierklei die redelijk draagkrachtig is, terwijl de naoorlogse wijken erachter op veen onder een opgespoten zandlaag staan. Klei is slecht doorlatend, dus onder terras en oprit hoort een drainerende cunetlaag, en in de polderwijken moet rekening worden gehouden met restzetting.
Rivierklei is van nature voedselrijk met een hoge bindingscapaciteit voor voedingsstoffen, waardoor soorten van schrale zandgrond hier slecht op hun plek zijn. Beuk heeft moeite met natte, zware klei terwijl haagbeuk daar juist goed groeit; voor een haag op komklei in Leiderdorp is dat het verschil tussen slagen en mislukken. Bomen in klei maken een breed en ondiep wortelstelsel, waardoor de plantplaats eerder in oppervlakte dan in diepte wordt gezocht. Aanaarden met klei tegen de stamvoet houdt vocht tegen de bast en veroorzaakt rot; de wortelaanzet blijft daarom zichtbaar boven het maaiveld. Een plantgat in zware klei werkt als een emmer waar het water in blijft staan; de wanden worden daarom ruw gemaakt en aan de onderkant opengebroken.
Wat de bodem niet bepaalt, bepaalt het water. Leiderdorp ligt tussen de Oude Rijn, de Zijl en het riviertje de Does, met de laaggelegen Munnikenpolder en polder Achthoven als open, waterrijk buitengebied. Een haag of boom vlak langs een sloot staat met de ene zijde in een nattere zone dan met de andere, wat aan de waterkant tot afwijkende groei kan leiden. Bij een sterk wisselende stand groeien wortels in het natte seizoen niet dieper dan het water toelaat, waarna diezelfde wortels in een droge zomer boven de zakkende waterspiegel komen te hangen. Najaarsplanting benut de nog warme bodem en de stijgende grondwaterstand, waardoor de beworteling op gang komt voordat de eerste droge periode aanbreekt.