Het werk in Koudekerk aan den Rijn begint bij de bodem, en die is hier overwegend rivierklei. De dorpskern ligt op de stroomrug van de Oude Rijn, waar rivierklei op zand een relatief stabiele en goed draagkrachtige ondergrond geeft. Dieper het polderland in gaat dat binnen enkele honderden meters over in slap veen, dus juist op die overgang moet het cunet dieper en moet er met verschilzetting tussen oprit, terras en gevel rekening worden gehouden.
Kalkhoudende oeverwalgrond geeft zuurminnende gewassen als rododendron en skimmia chlorose; die soorten horen op deze bodem in een pot of helemaal niet in het plan. Klei kan vochtig zijn terwijl de kluit van een nieuwe aanplant kurkdroog is: het water in de fijne poriën komt nauwelijks vrij, dus blijft gericht watergeven het eerste seizoen nodig. Een ondiep wortelend exemplaar op natte klei is gevoelig voor windworp; ondergrondse verankering van de kluit houdt de boom stabiel tot hij zichzelf vasthoudt. In verharding krijgt een boom op klei doorwortelbaar bomenzand of boomgranulaat mee, omdat de omringende grond onder de stenen te dicht is om in te groeien. Rivierklei is van nature voedselrijk met een hoge bindingscapaciteit voor voedingsstoffen, waardoor soorten van schrale zandgrond hier slecht op hun plek zijn. Bomen in klei maken een breed en ondiep wortelstelsel, waardoor de plantplaats eerder in oppervlakte dan in diepte wordt gezocht.
Naast de bodem telt het water mee. Het dorp ligt aan de boezem van de Oude Rijn, met daarachter de Hondsdijkse en Lagewaardse polder die van oudsher door poldermolens werden bemalen. Zwarte els, schietwilg, gelderse roos en es houden een hoge grondwaterstand jarenlang uit, terwijl beuk en taxus op zo'n standplaats na een natte winter vaak terugvallen. Op permanent natte standplaatsen krijgen bodemschimmels die wortels aantasten vrij spel; het gewas verkleurt bovengronds terwijl de oorzaak ondergronds bij een verrotte wortelhals ligt. Een plantgat dat tot in het grondwater is uitgegraven, wordt een bak met stilstaand water; de kluit komt daarom hoger te staan en het maaiveld eromheen wordt licht opgehoogd.