Onder Harmelen ligt hoofdzakelijk rivierklei; dat gegeven staat aan het begin van elke berekening. De dorpskern ligt op de zandige oeverwal van de Oude Rijn, die duidelijk meer draagkracht heeft dan de veenweidepolders Gerverscop, Breudijk en Haanwijk er direct omheen. Op die stroomrug volstaat meestal een cunet van 40 tot 50 cm met een goed verdicht zandbed, maar zodra u de oeverwal verlaat en het komgebied in gaat neemt de zettingsgevoeligheid sterk toe en is voorbelasten of een lichte fundering op geotextiel verstandig.
De boomspiegel is op klei het eerste dat dichtloopt door betreding; het openhouden of vergroten van die zone doet meer voor de groei dan bemesting. Veel rivierkleigronden rond Harmelen bevatten van nature kalk, waardoor standaard kalk strooien zinloos of zelfs nadelig is; een bodemanalyse bepaalt of de pH bijsturing vraagt. Schoffelen heeft op klei alleen zin bij droog weer, want in natte grond wortelen de losgesneden planten meteen weer aan in de omgewoelde smeerlaag. Een gazon op klei slaat dicht onder belopen, waarna mos en plassen verschijnen; kernbeluchten en bezanden met grof zand herstellen de luchthuishouding van de zode. Wortelonkruiden als kweek en ridderzuring zitten in klei stevig vast en breken bij trekken af; uitsteken met een spitvork levert meer resultaat dan schoffelen.
Wat de bodem niet bepaalt, bepaalt het water. Bij de middeleeuwse kerk in de oude kern komen de Bijleveld en de Leidse Rijn samen tot de Oude Rijn, terwijl de omliggende polders Gerverscop, Breudijk, Oudeland, Haanwijk en Harmelerwaard elk hun eigen peil kennen.