Onder Bleiswijk ligt hoofdzakelijk zeeklei; dat gegeven staat aan het begin van elke berekening. In de droogmakerij Bleiswijk, tussen 1772 en 1782 met zeven molengangen drooggemalen, ligt zware kalkrijke zeeklei in het middendeel, terwijl de bodem naar het noorden en zuiden lichter wordt door zandbijmenging en er in het zuiden veen voorkomt. Zware klei is slecht waterdoorlatend, dus bestrating vraagt hier vooral aandacht voor afschot en drainage; de draagkracht is beter dan op veen, maar een verdicht zandcunet blijft nodig.
Planten in het najaar sluit op klei goed aan: de grond is dan nog bewerkbaar en de kluit maakt voor de winter contact, terwijl zware klei in het vroege voorjaar vaak te nat is om te betreden. Zeeklei is doorgaans kalkrijk met een zuurgraad rond de 7,5; zuurminnende soorten als rhododendron, skimmia en struikheide krijgen daar geel blad tussen groene nerven en blijven achter in groei. Een pakket bomenzand of boomgranulaat onder verharding ligt in klei feitelijk in een gesloten bak; zonder beluchtingsbuizen en een uitweg voor het water raakt die wortelruimte zuurstofloos. Pas geplante vaste planten kunnen op klei opvriezen doordat de grond bij vorst uitzet; na een vorstperiode even aandrukken voorkomt dat de kroon droog boven het maaiveld komt te staan. Taxus verdraagt de voedselrijkdom van klei goed maar sterft af bij stagnerend water in de winter; op een lage plek is haagbeuk betrouwbaarder, want die accepteert zware natte grond.
Wat de bodem niet bepaalt, bepaalt het water. Polder Bleiswijk heeft een eigen peilbesluit van het hoogheemraadschap van Schieland en de Krimpenerwaard, met de Rottemeren en de Bleiswijkse Zoom als open water aan de oostkant. In een verzadigde bodem verloopt de stikstofkringloop anders: bij zuurstofgebrek gaat nitraat als gas verloren, waardoor beplanting op natte grond eerder een tekort dan een overschot laat zien. Een plantgat dat tot in het grondwater is uitgegraven, wordt een bak met stilstaand water; de kluit komt daarom hoger te staan en het maaiveld eromheen wordt licht opgehoogd. Op permanent natte standplaatsen krijgen bodemschimmels die wortels aantasten vrij spel; het gewas verkleurt bovengronds terwijl de oorzaak ondergronds bij een verrotte wortelhals ligt.