Onder Linschoten ligt hoofdzakelijk rivierklei; dat gegeven staat aan het begin van elke berekening. Het dorp is gebouwd op de stroomrug waar de Lange Linschoten overgaat in de Korte Linschoten, maar de scheve toren van de Sint-Janskerk, die in 1877 wegens verzakking werd ingekort, bewijst dat die kleirug minder draagkrachtig is dan hij oogt. Direct ten oosten begint komklei en westelijk komt rietveen voor, dus zwaardere verharding of een tuinmuur vraagt hier per perceel een controle van de draagkracht en vaak extra voorbelasting.
Het maaiveld langs de gevel blijft na het weghalen van de verharding onder de bovenkant van de dorpel en onder de ventilatieopeningen van de kruipruimte. Verharding weghalen lost wateroverlast in Linschoten niet vanzelf op, omdat de klei eronder het water traag opneemt; er moet berging of afvoer bij komen. Alleen zand bijvullen onder een verzakt terras herhaalt het probleem; het herstel begint bij de vraag waar het water dat het zand meenam naartoe liep. Het oude zandbed raakt bij het uitgraven vermengd met klei en is als teelaarde onbruikbaar; zeven of afvoeren voorkomt dat een nieuw plantvak op halfbakken zand start.
Wat de bodem niet bepaalt, bepaalt het water. Midden in het dorp gaat de Lange Linschoten over in de Korte Linschoten; dit riviertje en de bijbehorende polderweteringen bepalen de waterhuishouding van het Linschoter veenweidegebied. Drainage uit een eerdere aanleg ligt vaak nog in de grond en functioneert soms nog gedeeltelijk, zodat opsporen en doorspuiten voorafgaat aan het leggen van een nieuw stelsel. Een verzakt keermuurtje of een oude tuinbeschoeiing bezwijkt vaak door water dat erachter blijft staan, zodat herstel begint bij de afvoer achter de wand en niet bij de wand zelf. Renovatiewerk in een droge periode beperkt de structuurschade door materieel, terwijl hetzelfde werk na een natte week sporen achterlaat die later onder gazon of border terugkomen.