Het werk in Leiden begint bij de bodem, en die is hier overwegend opgehoogde stedelijke grond. De binnenstad ligt op de stroomrug van de Oude Rijn, maar het maaiveld bestaat uit eeuwenlang opgebrachte ophooglagen met puin, as en zand van sterk wisselende dichtheid. De draagkracht verschilt daardoor per perceel: proefsleuven en handmatig ontgraven rond oude funderingen, kabels en leidingen zijn hier eerder regel dan uitzondering.
Historisch ophoogmateriaal in de oudere delen van Leiden kan sintels, koolas of asbesthoudend sloopafval bevatten; het vooronderzoek naar het vroegere gebruik bepaalt of er voor het graven aanvullend bodemonderzoek nodig is. Tussen een nieuwe zandaanvulling en een onderliggende puinlaag brengen wij scheidingsdoek aan, anders verdwijnt het fijne zand geleidelijk in het grove materiaal en verliest de aanvulling dikte. Een sondering in puinhoudend ophoogmateriaal geeft grillige pieken die weinig zeggen over de werkelijke draagkracht; handboringen op meerdere punten leveren een betrouwbaarder beeld van de laagopbouw op. Een gedempte sloot onder het ophoogpakket blijft jarenlang een slappe strook, en juist op de overgang van vaste grond naar demping loopt het maaiveld ongelijk weg.
Naast de bodem telt het water mee. De stad wordt doorsneden door de Oude en Nieuwe Rijn en een dicht stelsel van grachten en singels op Rijnlands boezempeil. De gemiddeld hoogste en de gemiddeld laagste grondwaterstand liggen hier ver uit elkaar, waardoor een sleuf die in augustus droog blijft in februari op dezelfde plek onder water staat. Vochtige grond houdt een sleufwand langer overeind dan verzadigde grond, maar die schijnbare samenhang is geen stabiliteit en vervangt geen talud of sleufbekisting. Boven een storende leem- of kleilaag kan zich een schijngrondwaterspiegel vormen, waardoor het water in een sleuf hoger staat dan de werkelijke grondwaterstand eronder.