Onder Rijnsburg ligt hoofdzakelijk zeeklei; dat gegeven staat aan het begin van elke berekening. Rijnsburg staat niet op de strandwal maar op de oeverwal van de Oude Rijn, met zavel en lichte zeeklei op zand; de buurtnaam Kleipetten verwijst nog naar de oude kleiwinning ter plaatse. Klei houdt water vast en krimpt uit bij droogte, dus onder bestrating is een cunet van minstens 40 cm zand of gebroken puin plus goede drainage nodig om spoorvorming en verzakte tegels te voorkomen.
Het klei-humuscomplex houdt kalium en andere voedingsstoffen goed vast, waardoor zware bemesting zelden nodig is; tekorten gaan op kalkrijke klei eerder over ijzer en mangaan, die bij een hoge zuurgraad slecht opneembaar zijn. Zeeklei is doorgaans kalkrijk met een zuurgraad rond de 7,5; zuurminnende soorten als rhododendron, skimmia en struikheide krijgen daar geel blad tussen groene nerven en blijven achter in groei. Blauwe hortensia's verkleuren op kalkrijke klei binnen een seizoen naar roze, omdat de plant het aluminium dat voor de blauwe kleur zorgt bij deze zuurgraad niet kan opnemen. Taxus verdraagt de voedselrijkdom van klei goed maar sterft af bij stagnerend water in de winter; op een lage plek is haagbeuk betrouwbaarder, want die accepteert zware natte grond.
Naast de bodem telt het water mee. De Oude Rijn loopt langs de zuidrand van het dorp en de Kamphuizerpolder ten noorden ervan is een polder met een dicht slotenstelsel voor de bollen- en sierteelt. Een haag of boom vlak langs een sloot staat met de ene zijde in een nattere zone dan met de andere, wat aan de waterkant tot afwijkende groei kan leiden. Capillaire opstijging vanuit de grondwaterspiegel levert de wortelzone hier nog vocht na, al neemt die nalevering sterk af naarmate de stand in de zomer verder wegzakt. Najaarsplanting benut de nog warme bodem en de stijgende grondwaterstand, waardoor de beworteling op gang komt voordat de eerste droge periode aanbreekt.